独念国事未定，大礼未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能舍。今赖皇上神圣，臣得以少效愚衷，中外乂安，国家无事，诸大典礼，皆已完就，乃敢一言其私，盖亦度其时可以去而去耳。昔颜回有言，东野毕之马将败矣，步骤驰骋，朝礼毕矣，历险致远，马力尽矣，而犹求马不已。无何而东野毕之马果败。故舜不穷其民力，造父不穷其马力，是以舜无失臣，造父无失马。今臣之乞去，亦非敢为决计长往也，但乞数年之间，暂停鞭策，少休足力；倘未即填沟壑，国家或有大事，皇上幸而召臣，朝发命而夕就道，虽执殳荷戈，效死疆場，亦所弗避。是臣之爱身，亦所以爱国也。（同卷《再乞休致疏》）
但是神宗坚持不许，圣旨说：
连日不见卿出，朕心若有所失。如何又有此奏！今诸大典礼，虽已奉行，不过礼文之事。机务繁重，赖卿辅理甚切，未便是卿闲逸之时。古之元老大臣，耄耋之年，在朝辅理者不少，卿方逾五十，岂得便自称衰老，忍于言去。宜遵前旨即出，永肩一德，用成始终大忠。著鸿胪寺官，往谕朕意。（见上）
除由内阁拟旨，著鸿胪寺官传谕以外，神宗另颁龙笺手敕，著司礼监太监孙秀，文书房官邱得用，捧到居正私宅。神宗说：
谕元辅少师张先生：朕面奉圣母慈谕云，“与张先生说，各大典礼，虽是修举，内外一应政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后，再不必兴此念。”朕恭录以示先生，务仰体圣母与朕惓惓倚毗至意，以终先帝凭几顾命，方全臣节大义，先生其钦承之。故谕。（见同卷《谢圣谕疏》）
慈圣太后和神宗底谕旨来了，鸿胪寺官、司礼太监、文书房官都在那里奉旨催促供职。在君臣大义的标准下面，居正没有徘徊底余地。他只有提出扈驾山陵，触冒风寒，和近闻三弟居易讣音，感伤致病的理由，请求给假数日，容其调理，少可以后，即行供职。这一次神宗俞允了，数日以后，居正仍回内阁办事。
居正书牍中，屡次提到归政乞休的故事。他说：
仆久握大柄，天道忌盈，理须退休，以明臣节。况当典礼告成之日，正息肩税驾之时，抗疏乞休，甚非得已。乃圣恩留谕再三，未忍固求私便，辄复就列，徐俟再图。（书牍十二《答贾春宇》）
正少无世韵，宿有道缘，不意为时羁绁，遭遇明主，备位台司，十余年间，负重剖繁，备极辛楚，然遵道之志，未敢少衰也。顷者赖天之灵，中外乂安，国家无事，乃稽首归政，恳疏乞骸，亦欲逖慕留侯，庶几得弃人间事矣。乃蒙圣谕谆切，朝议恳留，不得已，辄复视事，以俟徐图，但恐世缠日锢，归宿无期，觖怅觖怅。（同卷《寄有道李中溪言求归未遂》）
弟德薄享厚，日夕栗栗，惧颠跻之遄及耳。顷者乞归，实揣分虞危，万非得已，且欲因而启主上以新政，期君臣于有终，乃不克如愿，而委任愈笃，负戴愈重，僝弱之躯，终不知所税驾矣。奈何，奈何！（同卷《答司寇王西石》）
去秋及今，四奉台教，以公私多故，久稽裁候。中间以典成乞休，关出处大节，且妄心诐陋，师心独任，不请先生长者之明训，率尔行之，罪死罪死。正膺重任，九年于兹，恒恐不保首领，以辱国家。兹幸主德日清，内外宁谧，诸大典礼，皆已竣事，乃以其间，乞不肖之身，归伏垅亩，以明进退之节，不得已也。重蒙主上暨圣母诲谕谆谆，恩礼申笃，正诚迫于大义，不敢自爱其死，复黽勉就列，然自是羁绁愈坚，忧危愈重矣。吾师何以教之？（书牍十四《答上师相徐存斋二十八》）
弟以谫劣，谬膺重任，恒恐中道颠蹶，有负夙昔期许之心。兹幸主德日新，国家无事，弟乃以其间乞身而归，未蒙俞允，付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣。翁素怜我，何以策之，俾获全于末路乎？（书牍十二《答石麓李相公》）
贾春宇名应元，时为大同巡抚，大致和居正关系不深，因此居正对他底话有些闪铄。王之诰、徐阶、李春芳和居正关系较深，这几封信，值得仔细寻味。尤其王之诰是居正底亲家，所以说话更切实。
从居正以上，高拱、徐阶、严嵩、夏言，凡是当过国家大权的，最后都支付了最大的代价。有的被杀，有的儿子被杀；即使幸而不死，也常有被杀的危险。这一个传统太危险了，时时给居正以威胁。万历五年，居正没有去位，实际也不免有些惧祸的意思。他说：“恒恐不保首领以辱国家。”知道这一个时期实际政治情形的人，一定明白居正不是乱说。从五年到八年，居正底政治地位更加巩固，然而居正底危险也更加扩大。一切的危险都发生在神宗身上。
明朝的政治情形，有一点和前后不同的地方，便是没有摄政的制度。英宗九岁即位，世宗十六岁即位，神宗十岁即位，嘉宗十六岁即位，都没有摄政或是太后垂帘听政的传统。在这一群皇帝中间，世宗最能干，即位不久，大权随即到手，嘉宗是一个白痴，大权始终旁落：英宗、神宗即位时的年龄更小，当然谈不到亲政，英宗初期的杨士奇、杨荣、杨溥，和神宗初期的高拱、张居正，名为内阁大学士，其实是摄政大臣，这是无可否认的史实。三杨始终维持一个合作的局面。高拱、张居正当穆宗在位的时候，在最后的阶段里，已经不能并存，神宗即位以后，居正利用政治机会，撇开高拱，成为实际的独裁者，这也是无可否认的史实。以后居正逐渐巩固既得的政权，内而内阁、六部、都察院，外而各省督、抚，没有一个不是居正推荐的人，言官之中，御史、给事中也几乎没有一个不听居正底指挥。在神宗尚幼的时候，这个正和《古文尚书·伊训篇》所说的“百官总已以听冢宰”，《伪孔传》“伊尹刮百官，以三公摄冢宰”相合。但是现在神宗年已十八，久已超过应当亲政的时期。居正当国，便等于神宗失位，成为不能并立的形势。在这一个情态之下，居正头脑糊涂一点，便可以做王莽；气魄大一点，也可以做曹操。但是居正不是王莽、曹操，而且在那个提倡忠孝的环境之下，也不容许王莽、曹操的产生。居正以忠孝自负，而忠孝自负的主张，又和专权当国的现实，不能融洽，心理遂陷于极端的矛盾状态。
矛盾的心理，惧祸的心理，最后驱使居正走上归政乞休的路线。以威福奉还主上，也许神宗不至于不容自己优游林下吧！他甚至说不敢决计从此一去不返，只要稍许休息，日后在必要的时机，仍然“朝闻命而夕就道，效死疆場，亦所弗避”。（见《再乞休致疏》）这是委婉的说法，只想神宗给他一个脱身的机会。居正不是没有机权的人，但是这一次的乞休，确是出于至诚。摄政的皇帝做过八、九年，明代开国以来，四个在位的皇帝，时期都没有这样长，居正还不应当满足吗？对内对外，整个的国家上了轨道，自己去位以后，内阁里面张四维、申时行，都是自己引进的人，谅意不至于反噬。江陵的家产虽然不大，但是总算富厚了，那里有五十几岁的老妻，有儿子，还有最近新添的三、四个孙子，门庭以内，充满快乐的空气，为什么不回去？居正又曾说过：“不谷比者抗疏乞归，’群情惊惑，不知鄙意固有在也。夫不得决去于宅忧之时，而乃乞骸于即吉之后，此岂寻常大臣所为进、退者耶？顾此意不敢以告人，而世亦无知我者。兹承华翰，深获我心，但奖借过情，深用为愧耳。”（书牍十二《答宪长徐中台》）徐中台怎样“深获我心”，我们无从知道，但是从居正和他的关系而论，中台还够不上深谈，居正之言，只是一种机权。假如我们记得居正宅忧之时，神宗年十五岁；乞骸之时，神宗年十八岁：那么我们不难深获居正底用心。
一切都看在那个小农之女底目光里。是因为她从民间出身，接近大地，所以赋有特殊的智慧，惊人的常识吗？我们不敢说。但是她能了解居正，她对神宗说：“待辅尔到三十岁，那时再作商量。”“这是一位随时督责，随时罚跪的母亲，连外祖父武清侯李伟都畏惧她，有一次外祖父做错事，圣母把他召进宫内，切实训戒，（见《明史》卷三〇〇《外戚传》）何况自己？”神宗又在沉思了。龙笺手敕提到圣母慈谕，实际是把居正摄政的时期，再延长十二年；也就是神宗底失位，再延长十二年。神宗说过：“朕垂拱受成，倚毗正切，”这九个字，值得仔细玩味。在虚君政治制度没有确实成立以前，这一种办法，必然会造成皇帝和首辅的决斗。残忍的女人啊！一位毛妃，造成居正和辽王宪【火节】的决斗；一位李太后，造成居正和神宗的决斗。这才是人生的不幸。居正自言“自是羁绁愈坚，忧危愈重矣”；又言“付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣”。这些话都是事实。但是他现在竟没有自全之策。‘凤毛丛劲节，只上尽头竿，”尽头竿究竟不是一个安全的地位。
就在八年三月，居正得到一件大喜的事，他底第三子懋修中了殿试第一人。这一次主考是内阁申时行、侍郎余有丁。在当时的情状下，首辅底儿子当然会高中的，何况懋修在兄弟中，才具较高呢？主考阅卷，拟定懋修第三，进呈御览。神宗看过以后，改为第一。这一科，居正长子敬修也成进士。居正六子：敬修、嗣修、懋修，至此都成进士，第四子简修，加恩授南镇抚司佥书管事。
八年闰四月两广总督刘尧诲奏报讨平八寨。